HUNTER×HUNTERの人気の理由は、多くのファンが挙げるところによると、以下のような点があると言える。

キャラクターの個性や成長が魅力的である。

主人公のゴンやキルアは、冒険を通して友情や家族の絆を深め、強敵に立ち向かっていく。彼らのほかにも、クラピカやレオリオ、ヒソカやクロロなど、多彩なキャラクターが登場する。

物語の世界観や設定が広がりがある。
HUNTER×HUNTERの世界には、ハンターと呼ばれる特殊な職業や能力者が存在する。ハンターは、様々な分野で活躍し、冒険や探索を行う。能力者は、念と呼ばれる特殊な力を使って戦う。念には、個人によって異なる特性やルールがあり、様々な応用が可能である。

物語の展開やテーマが予測できない。
HUNTER×HUNTERは、一見明るく楽しそうな冒険物語だが、実際には暗く重いテーマも扱っている。例えば、キルアの暗殺者としての過去やゴンの父親との関係、クラピカの仇である幻影旅団との対決などである。また、物語は常に新しい舞台や登場人物を登場させ、読者や視聴者を驚かせる。